Thymian wirkt stark antiseptisch und kann daher als Desinfektionsmittel verwendet werden (vor allem das ätherische Öl). Als es noch keine Antibiotika gab wurde Thymian als Entkeimungsmittel eingesetzt. Die Wirkung des ätherischen Öls ist bei vielen Krankheiten wie Typhus, Diphtherie, Tuberkulose, Meningokokken, Pneumokokken und Staphylokokken erwiesen. Auch regt das Öl die Bildung weißer Blutkörperchen an und stärkt so das Immunsystem. Thymian kann bei sämtlichen Infekten verwendet werden, besonders bei bakteriellen Infekten der Verdauungsorgane, der Atemwege und der Nieren- und Harnwege.
Auf Grund seiner entkrampfenden Wirkung wirkt er auch sehr gut bei Verdauungsbeschwerden. Er ist auch blähungswidrig. Auch im Mund- und Rachenbereich ist Thymian ein sehr gutes Heilmittel bei Bläschen, Vereiterungen, Mundschleimhaut-, Rachen- und Mandelentzündungen (Tee gurgeln). Da der Thymian auswurffördernd, hustendämpfend und balsamisch wirkt ist er auch bei Atemwegserkrankungen sehr empfehlenswert.
In Form von Einreibungen, Bädern oder Umschlägen lindert er rheumatische Schmerzen durch Arthritis und Gicht. Trinkt man Thymiantee, wirkt er schweißreibend und entwässernd und reinigt somit das Blut.
Thymian kann als Tee, zum Inhalieren, als Dampfbad, als Kompresse oder Umschlag, als Gurgelwasser oder als Gewürz in Gerichten oder Salat verwendet werden und hilft bei: